Windows 2000 でHDDなどをフォーマットしたらそのドライブが Windows98 から利用できなくなってしまいましたが?

ドライブがNTFSでフォーマットされている可能性があります。Windows95/98ではNTFSフォーマットのディスクを利用することはできません。Windows98 で利用できる FAT32 でフォーマットするか、Windows 95 で利用できる FAT16 でフォーマットしてください。

※FAT16 は最大 2GB までの領域確保となります。Windows95 OSR2 では FAT32 を使用できます。